1923（大正12）年、日本基督教連盟が糾札されると教会合同の義が諸方から提唱されるようになり、同連盟主唱のもとに教会合同の研究が熱心に行われはじめた。

しかもこの実現は容易な仕事ではなかったが、1939（昭和14）年宗教団体法の実施された頃から，教会合同の必要が切実に感ぜられ．その機運が日とともに熟してきた。1940（昭和15）年に入るとキリスト教に対する社会およぴ官憲の圧迫が露骨となり，教会の情勢は日々緊張を加えてきた。同年8月には，各派代表者の間に教会合同の懇談が重ねられるようになり，その結果、同年10月17日には、紀元二千六百年奉祝全国基督教信徒大会において，国内全教会合同の決意を表明、その翌日には各教派の代表者による教会合同準備委員会が組織されて、日本基督教団結成の準備が進められた。

1941（昭和16）年6月24日、25日両日、創立総会が開かれ、30有余の教会を網羅する日本基督教団が成立した。同年11月25日の文部大臣の認可により国家の「公認」する宗教となった。

新しく成立した教団は、当初伝統の似ている教派を集めこれを部とし、11部が相寄って教団を組織した。1942（昭和17）年の第1回総会で部制解消の義が成り、翌年4月1日からこれを実施した。また1943（昭和18）年には、聖公会の60有余の教会が教団に参加した。

1945（昭和20）年8月、終戦となり、宗教団体法は撤廃された。教団は、教団統理者制を廃止し、新たに教憲、教規を定めた。

戦後、日本基督教団を離脱して教派を再建するもの、新しく教派を設立する教会もあったが、各教派において教団に留る教会もあり、教団は多様な歴史的特質をうけついでいる。 1954年10月26日、第8回教団総会において「信仰告白」を制定した。1967年3月26日（復活日）には「第2次大戦下における日本基督教団の責任についての告白」を議長名で公にした。 沖縄のプロテスタント教会は、戦時中、教団九州教区の沖縄支教区に属していたが、戦後は「本土」から分断されたまま独自の道を歩んだ。その中で1946年2月6日に結成された沖縄基督教連盟は、1950年6月9日沖縄キリスト教会と改称し、さらに1957年3月26日沖縄キリスト教団と改称した。 同教団は1953年6月以来．日本基督教団と協力関係を結んでいたが、1967年2月、沖縄の重荷を共に担おうとする思いをこめた「沖縄キリスト教団と日本基督教団の合同決意に関する声明」が、両教団議長名で発表された。1968年10月の両教団各々の総会決議を経て、1969年2月合同式典が挙行された。この合同の内実を深めるため1978年から「日本基督教団と沖縄キリスト教団合同のとらえなおし」が行われている。

旧新約聖書は、神の霊感によりて成り、キリストを証（あかし）し、福音の真理を示し、教会の拠るべき唯一の聖典なり。されば聖書は聖霊によりて、神につき、救ひにつきて、全き知識を我らに与ふる神の言にして、信仰と生活との誤りなき規範なり。

主イエス・キリストによりて啓示せられ、聖書において証せらるる唯一の神は、父・子・聖霊なる、三位一体の神にていましたまふ。御（み）子は我ら罪人（つみびと）の救ひのために人と成り、十字架にかかり、ひとたび己を全き犠牲（いけにへ）として神にささげ、我らの贖（あがな）ひとなりたまへり。

神は恵みをもて我らを選び、ただキリストを信ずる信仰により、我らの罪を赦して義としたまふ。この変らざる恵みのうちに、聖霊は我らを潔めて義の果（み）を結ばしめ、その御（み）業を成就したまふ。

教会は主キリストの体（からだ）にして、恵みにより召されたる者の集ひなり。教会は公の礼拝を守り．福音を正しく宣べ伝へ、バプテスマと主の晩餐との聖礼典を執り行ひ、愛のわざに励みつつ、主の再び来りたまふを待ち望む。

我らはかく信じ、代々の聖徒と共に、使徒信条を告白す。

我は天地の造り主、全能の父なる神を信ず。我はその独り子、我らの主．イエス・キリストを信ず。主は聖霊によりてやどり、処女（おとめ）マリヤより生れ、ボンテオ・ビラトのもとに苦しみを受け、十字架につけられ、死にて葬られ、陰府（よみ）にくだり．三日目に死人のうちよりよみがへり、天に昇り、全能の父なる神の右に坐したまへり。かしこより来りて、生ける者と死ねる者とを審きたまはん。我は聖霊を信ず、聖なる公同の教会、聖徒の交はり、罪の赦し、身体（からだ）のよみがへり、永遠（とこしへ）の生命（いのち）を信ず。アーメン。

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